Druskininkų pirmoji mūrinė bažnyčia pastatyta 1841–1844 m.
Caro valdžia kunigo į Druskininkus skirti nesutiko. Pamaldas laikė Ratnyčios vikaras. Kunigas paskirtas tik 1879 m.
1912–1931 m. pagal architekto Stefano Šilerio projektą pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia.
Bažnyčios statybų iniciatorius buvo parapijos klebonas Boleslovas Valejka.
1921 m. įkurta parapija.
Senoji bažnyčia 1931 m. nugriauta. Druskininkuose 1965–1992 m. klebonavęs Konstantinas Gajauskas 1966–1970 m. bažnyčią suremontavo ir išdažė.